医薬品が実際に市場で取引されている価格であり、公定薬価（政府が設定する薬価）との乖離を反映する指標である。
日本の薬価制度では、医薬品は薬価基準に基づいて価格が決められるが、実際の取引では、医薬品卸売業者と医療機関の間で値引きが行われることが多い。そのため、市場実勢価格は薬価基準よりも低くなる傾向がある。政府は、2年ごと（場合によっては毎年）に薬価調査を行い、市場実勢価格をもとに薬価改定を実施する。この仕組みにより、医療費の適正化を図りつつ、製薬企業の利益確保とのバランスをとっている。