クロスオーバーデザインでは、各被験者が無作為に2つ以上の治療の順番に割り当てられ、各治療の比較において自身がコントロールとなる。
この方法の主な利点は、被験者数を削減できること、および一定の検出力を達成するために必要な評価回数を減少させることである。
最も単純な2×2クロスオーバーデザインでは、各被験者が2つの治療をランダムな順序で、2つの連続した治療期間において受ける。通常、これらの治療期間の間にはウォッシュアウト期間（washout period）が設けられる。