医薬品スクリーニングにおいて、主アッセイで得られたヒット化合物の特異性や選択性を評価するための補助的な試験系である。
標的タンパク質に対する結合や活性が確認された化合物が、非特異的な作用やアーチファクト（偽陽性）でないかを検証する目的で実施される。カウンターアッセイ系の適用により、より信頼性の高いリード化合物の選別が可能となり、医薬品開発の成功率向上に貢献する。