臨床試験の実施中に、承認された試験計画書（プロトコル）から逸脱した行為や手順の変更が発生することを指す。
プロトコル逸脱は、重大（重要）な逸脱と軽微な逸脱に分類される。たとえば、被験者がプロトコルで規定された来院スケジュールを数日遅れた場合は軽微な逸脱に該当するが、誤った用量の投与や適格基準を満たさない被験者の組み入れなどは重大な逸脱となる。特に重大な逸脱は試験結果の信頼性に影響を与える可能性があるため、適切な管理と報告が求められる。