標的タンパク質やRNAなどのポケットの立体構造に着目し、小さな化学フラグメントを用いて新薬を設計・開発する手法である。
フラグメントは低分子量（150～250 Da）で、標的タンパク質に対して弱いながらも特異的な結合を示す。FBDDでは、結晶構造解析や核磁気共鳴（NMR）を用いてフラグメントの結合を確認し、それを基に結合力を強化したり、分子を成長させることで有効な薬物を設計する。従来のリード探索手法と同時並行的なFBDDの実施が推奨されている。